Il protocollo è il libro dove sono registrati progressivamente gli estremi di documenti e atti, in entrata e in uscita dal Comune, presentati da qualunque un soggetto o ente, pubblico o privato.

Protocollare in entrata significa ricevere e registrare la corrispondenza pervenuta al Comune tramite servizio postale, fax, posta certificata o con consegna a mano.

Protocollare in uscita significa inviare la corrispondenza predisposta dagli uffici comunali, dopo averla affrancata digitalmente.

Se eseguita rispettando la norma, la protocollazione ha carattere di pubblica e riconosciuta certezza, cioè "fa fede" in caso di controversia giuridica. L'atto della protocollazione è descritta in dettaglio nel testo unico delle disposizioni legislative e regolamentari in materia di documentazione amministrativa (Decreto del Presidente della Repubblica del 28/12/2000, n. 445).